شيخ در كاشان و رى  
شيخ از اصفهان به كاشان رفت و مدت چهار سال از محضر علمى ملا احمد نراقى بهره گرفت و به مباحثه و تحقيق و تاليف نيز اشتغال داشت . نراقى هنگام حركت شيخ از آن شهر اجازه مبسوطى به او داد و با بهترين عبادات و جملات وى را ستوده فرمود: ((استفاده اى كه من از اين جوان نمودم بيش از استفاده اى بود كه او از من برد.))
شيخ و برادرش از كاشان به مشهد مقدس مشرف شدند و چند ماهى در آن شهر توقف نمودند و از آنجا به تهران و رى رفتند و پس از مدتى بازگشت به وطن كردند. مردم دزفول پس از شش سال ، هنگامى كه از بازگشت شيخ و برادرش با خبر شدند تا چهار فرسخى از آنها استقبال شايانى نمودند.
بازگشت مجدد شيخ به نجف اشرف  
شيخ پس از مسافرت به شهرهاى مختلف دوباره سال 1249 ق وارد نجف اشرف شد و از محضر شيخ على فرزند كاشف الغطا بهره برد شيخ على روزى به شيخ جعفر شوشترى فرمود: ((تو گمان مدار كه شيخ مرتضى براى استفاده بردن در مجلس ما حاضر مى گردد، بلكه شنيده در خانواده هاى علمى ، تحقيقاتى هست كه او بهم مى رساند و الا او ديگر احتياجى به خواندن درس ندارد.))
اداره حوزه علميه نجف  
شيخ انصارى پس از شيخ على كاشف الغطا و برادرش شيخ حسن كاشف الغطا و همچنين شيخ محمد حسن صاحب جواهر رياست و اداره حوزه علميه نجف را از سال 1266 تا 1281 ق به مدت 15 سال به عهده داشت و شيعيان جهان از وى تقليد مى كردند.
وضع ظاهر شيخ  
شيخ از حيث قد مايل به طول و رخسارش سرخ و نمكين ، بدنش نحيف و چشمانش ضعيف و محاسنش را با حنا رنگ مى بست ، بر سر عمامه بزرگى از كرباس و به تن قبايى سفيد رنگ از جنس كرباس و عبايى سرخ رنگ از جنس پشم به دوش .
مشايخ اجازه روايتى شيخ  
مشايخ اجازه روايتى شيخ عبارتند از: حاج ملا احمد نراقى ، سيد صدرالدين عاملى ، شيخ محمد سعيد دينورى .
صفات پسنديده شيخ 
شيخ داراى همت بلند، اخلاقى نيكو، زهد و تقواى بى نظير، استادى بى دليل ، پدرى مهربان ، مربى دلسوز بود.
ميرزا حبيب الله رشتى گفته است : ((شيخ سه چيز ممتاز داشت ، علم ، رياست ، تقوا، رياست را به ميرزا محمد حسين شيرازى ، علم را به من و تقوا را با خود به قبر برد.
كرامات شيخ  
نابغه دهر، شيخ انصارى داراى كرامات و خوارق عادات بوده است كه به دو نمونه از آنها اشاره مى شود:
كرامت اول :  
در زمان شيخ روزى شخصى از تنگى معاش براى دوستش سخن داند و گفت : اگر همراهى با من كنى در اين باب فكر و تدبيرى انديشيده ام . گفت : بگو اگر اصلاح باشد تو را يارى كنم . گفت : در اين روزها پول زيادى نزد شيخ مرتضى آورده اند. ما شبانه به خانه او رفته و آنها را آورده بين خود تقسيم كنيم .
من چون اين بشنيدم او را منع كردم ولى سودى نبخشيد. بالاخره با اصرار بسيار مرا با خود موافق نمود به اين شرط كه در بيرون منزل بايستم تا او برود و بيايد كه من مباشر عملى نباشم . چون پاسى از شب رفت به سراغ من آمد و به طرف منزل شيخ روانه شديم و با تدبيرى وارد دهليز بيرونى شديم ولى من جلوتر نرفتم ، دوستم از پله هاى بيرونى بالا رفت تا از پشت بام بيرونى به بام اندرونى درآيد و از آنجا وارد خانه شده و دست به سرقت بزند.
مدتى نگذشته بود كه با حالتى پريشان شگفت آور نزد من آمد، سبب را پرسيدم گفت : چيزى را مشاهده كردم كه تا خودت نبينى تصديق من نخواهى كرد. گفتم مگر چه ديدى ؟
گفت : از پله ها كه بالا رفتم سايه اى در مهتابى بيرونى به نظرم آمد، وقتى از ديوار بيرونى بالا رفتم كه خود را به پشت بام اندرونى برسانم ناگهان ديدم شيرى مهيب بر كنار بام اندرونى ايستاده و آماده حمله به من بود و هر چه بالاتر رفتم خشم شير زيادتر مى گرديد، قدرى تامل نمودم تا شايد علاجى پيدا كنم ، ولى ممكن نشد، برگشتم . به او گفتم : شايد ترسيده اى !!
گفت : تا نبينى باور نكنى از پله ها بالا برو و نگاه كن ، از پله ها بالا رفتم نزديك بام اندرونى شيرى عجيب ديدم كه از ترسش بدنم به لرزه درآمد شير نعره اى كشيد و به سوى پشت بام بيرونى شد، چون اين امر خارق عادت را ديديم از كرامات آن مرد بزرگ شيخ انصارى حمل كرديم و نادم و پشيمان برگشتيم .
كرامت دوم :  
يكى از شاگردان شيخ انصارى نقل مى كند: چون از مقدمات علوم و سطوح فارغ گشته براى تكميل تحصيلات به نجف اشرف رفتم و به مجلس درس ‍ شيخ درآمدم ولى از مطالب و تقريراتش هيچ نمى فهميدم خيلى به اين حالت متاثر شدم تا جايى كه دست به ختوماتى زدم ، فايده نبخشيد. بالاخره به حضرت امير عليه السلام متوسل شدم .
شبى در خواب خدمت آن حضرت رسيدم و ((بسم الله الرحمن الرحيم )) در گوش من قرائت نمود.
صبح چون در مجلس درس شيخ حاضر شدم درس را مى فهميدم ، كم كم جلو رفتم ، پس از چند روز به جايى رسيدم در آن مجلس صحبت مى كردم . آن روز پس از ختم درس خدمت شيخ رسيدم وى آهسته در گوش من فرمود: آن كس كه ((بسم الله ...)) را در گوش تند خوانده است تا ((والضالين )) در گوش من خوانده ، اين بگفت و برفت . من از اين قضيه بسيار تعجب كردم و فهميدم كه شيخ داراى كرامت است زيرا تا آن وقت كسى از اين موضوع اطلاع نداشت .
منابع اصلى : 2- زندگينامه استاد الفقهاء شيخ انصارى ، مولف ضياء الدين سبط شيخ زندگانى و شخصيت شيخ انصارى ، مولف شيخ مرتضى انصارى 3- تنقيح المقال 4- اعيان الشيعه ، ج 4، ص 45 و 46.
وفات شيخ  
شيخ انصارى هيجدهم جمادى الثانى سال 1281 ق پس از 67 سال عمر با بركت اما پر زحمت در نجف اشرف به بيمارى اسهال دار فانى را وداع گفت . چون شيخ از دنيا رفت شيخ راضى على بيك . يكى از شاگردان صاحب جواهر، ملا محمد طالقانى ، مولى على محمد طالقانى و مولى على محمد خوئى او را غسل دادند و حاج سيد على شوشترى بر جنازه اش نماز خواند و در حجره اى متصل به باب قبله صحن مجلل امير المومنين على عليه السلام مدفون گرديد.
در فوت شيخ ماده تاريخهايى گفته شده از جمله برادرش شيخ منصور در تاريخ ولادت و فوتش سروده :